Rossi bangkit di balapan kedua untuk meraih kemenangan pertamanya musim ini, sementara Hayden finis kedua.
Hayden 36 - Rossi 27

Hayden meraih podium ketiganya secara beruntun setelah finis ketiga di Turki, ia mengungguli Rossi yang finis tepat di belakangnya.
Hayden 52 - Rossi 40

Hayden melebarkan jaraknya menjadi 32 poin setelah finis kedua di sirkuit Shanghai, sementara Rossi tersingkir dari balapan.
Hayden 72 - Rossi 40

Hayden untuk pertama kalinya finis di luar podium, ia menempati posisi kelima, 5,709 detik di belakang Marco Melandri. Sementara Rossi kembali gagal menyentuh garis finis.
Hayden 83 - Rossi 40

Rossi bangkit dari dua hasil buruk dengan memenangi balapan kelima beruntun di sirkuit Muggelo, sementara Hayden finis ketiga.
Hayden 99 - Rossi 65

Rossi meneruskan keperkasaaanya pada balapan Barcelona yang diwarnai insiden pada awal balapan, Hayden membuntuti di belakangnya.
Hayden 119 - Rossi 90

Hayden meraih kemenangan pertamanya musim ini, dan satu-satunya kemenangan di luar Amerika sepanjang kariernya di MotoGP. Sementara Rossi finis kedelapan
Hayden 144 - Rossi 98

Rossi memperkecil jaraknya dengan Hayden setelah finis kedua di Donnington Park, sedangkan Hayden finis ketujuh.
Hayden 153 - Rossi 118

Rossi kembali mendekatkan jaraknya dengan Hayden setelah memenangi balapan keempatnya musim ini di Sachsenring.
Hayden 169 - Rossi 143

Hayden meraih kemenangan penting di tanah kelahirannya, yang merupakan kemenangan terakhirnya di MotoGP. Sementara Rossi tidak dapat menyelesaikan balapan.
Hayden 194 - Rossi 143

Rossi bangkit dengan meraih podium kedua di Brno, Hayden finis kesembilan.
Hayden 201 - Rossi 163

Rossi meneruskan momentumnya dengan memenangi balapan kelimanya musim ini di Sepang, sedangkan Hayden finis keempat.
Hayden 214 - Rossi 188

Rossi finis ketiga setelah tidak mampu membendung Melandri yang tampil baik di Phillip Island. Namun ini cukup untuk mendekatkan jarak poinnya dengan Hayden yang finis kelima.
Hayden 225 - Rossi 204

Rossi kembali raih hasil penting dengan finis kedua di Motegi, sementara Hayden finis kelima.
Hayden 236 - Rossi 224

Untuk pertama kalinya, Rossi memimpin klasemen di musim 2006. Ia finis kedua, tertinggal 0,004 detik saat beradu sprint jelang garis finis dengan Toni Elias. Di sisi lain, Hayden tersungkur setelah mengalami insiden dengan rekan satu timnya, Dani Pedrosa.
Hayden 236 - Rossi 244

Memulai balapan dari Pole, Rossi tersungkur pada awal balapan dan hanya mampu finis ke-13. Ini tidak cukup untuk mempertahankan posisinya di klasemen karena Hayden finis ketiga, dan mengungguli The Doctor dengan selisih lima poin
Hayden 252 - Rossi 247

Dengan hasil ini, Hayden mengungguli Rossi untuk memenangkan gelar MotoGP 2006.