Di sesi latihan Sabtu pagi berdurasi 60 menit, Nakajima menjadi yang tercepat setelah mencatat waktu 1 menit 24,078 detik pada fase pembuka.

Raihan waktu Nakajima 0,004 detik lebih cepat dari catatan waktu Webber pada sesi sebelumnya. Berkat raihan pembalap Jepang itu, Toyota berhasil mengungguli rival terdekat mereka, Audi dengan keunggulan 0,422 detik.

Di Grassi mencatat waktu 1 menit 24,500 detik dengan mobil R18 e-tron quattro #8, mengungguli mobil Porsche terbaik, #2 yang dikemudikan Neel Jani. Pembalap Swiss itu mencatat waktu 1 menit 24,558 detik.

Toyota #6 yang dikemudikan mantan pembalap Formula 1, Kamui Kobayashi menempati posisi keempat, diikuti oleh Andre Lotterer yang mengemudikan mobil Audi #8, dan Timo Bernhard di Porsche #1.

Rebellion kembali mengungguli ByKolles di subkategori LMP1 privatir. Namun mobil R-One #13 masih terpaut sekitar lima detik lebih lambat dari catatan waktu tercepat.

Pimpinan kelas LMP2 di sesi kali ini dipegang oleh tim G-Drive Racing, setelah Will Stevens mencatat waktu 1 menit 31,474 detik dengan mobil Oreca #26. Raihan Stevens mengungguli catatan waktu pembalap GP2, Antonio Giovinazzi di mobil Ligier #30 dari tim ESM.

Sementara di kategori GTE, tim Ford berhasil menyapu bersih dengan menjadi yang tercepat di semua tiga sesi latihan pekan ini. Catatan waktu 1 menit 38,092 detik yang diraih oleh Andy Priaulx di mobil Ford GT#67 tidak dapat dikalahkan oleh rival-rival mereka seperti Ferrari, Porsche, dan Aston Martin.

Di kelas GTE-Am, Pedro Lamy berhasil membawa mobil Aston Martin Vantage #98 ke posisi teratas dengan catatan waktu 1 menit 39,942 detik.

Hasil FP3 WEC Fuji:

Pos	#	Pembalap	Mobil	Kelas	Waktu	Gap
1	5	Anthony Davidson Kazuki Nakajima Sébastien Buemi	Toyota TS050 Hybrid	LMP1	1'24.078
2	8	Lucas di Grassi Loic Duval Oliver Jarvis	Audi R18	LMP1	1'24.500	0.422
3	2	Romain Dumas Neel Jani Marc Lieb	Porsche 919 Hybrid	LMP1	1'24.558	0.480
4	6	Stéphane Sarrazin Kamui Kobayashi Mike Conway	Toyota TS050 Hybrid	LMP1	1'24.895	0.817
5	7	Andre Lotterer Marcel Fassler Benoit Tréluyer	Audi R18	LMP1	1'25.313	1.235
6	1	Mark Webber Timo Bernhard Brendon Hartley	Porsche 919 Hybrid	LMP1	1'25.623	1.545
7	13	Alexandre Imperatori Dominik Kraihamer Matheo Tuscher	Rebellion R-One	LMP1	1'28.881	4.803
8	4	Simon Trummer Oliver Webb Pierre Kaffer	CLM P1/01	LMP1	1'30.865	6.787
9	26	Will Stevens Roman Rusinov Alex Brundle	Oreca 05	LMP2	1'31.474	7.396
10	30	Giedo van der Garde Sean Gelael Antonio Giovinazzi	Ligier JS P2	LMP2	1'32.004	7.926
11	42	Jonny Kane Lewis Williamson	Gibson 015S	LMP2	1'32.196	8.118
12	31	Pipo Derani Ryan Dalziel Chris Cumming	Ligier JS P2	LMP2	1'32.201	8.123
13	36	Nicolas Lapierre Gustavo Menezes Stéphane Richelmi	Alpine A460	LMP2	1'32.369	8.291
14	43	Bruno Senna Ricardo Gonzalez Filipe Albuquerque	Ligier JS P2	LMP2	1'32.437	8.359
15	35	Paul-Loup Chatin Ho-Pin Tung David Cheng	Alpine A460	LMP2	1'32.474	8.396
16	45	Shinji Nakano Tor Graves Alex Lynn	Oreca 05	LMP2	1'32.740	8.662
17	37	Vitaly Petrov Viktor Shaytar Kirill Ladygin	BR01	LMP2	1'32.778	8.700
18	27	Maurizio Mediani Nicolas Minassian Mikhail Aleshin	BR01	LMP2	1'33.160	9.082
19	44	Roberto Merhi Richard Bradley Matthew Rao	Oreca 05	LMP2	1'33.292	9.214
20	67	Harry Tincknell Andy Priaulx	Ford GT	LMGTE PRO	1'38.092	14.014
21	95	Marco Sorensen Nicki Thiim	Aston Martin Vantage V8	LMGTE PRO	1'38.500	14.422
22	66	Stefan Mücke Olivier Pla	Ford GT	LMGTE PRO	1'38.500	14.422
23	71	Sam Bird Davide Rigon	Ferrari 488 GTE	LMGTE PRO	1'38.859	14.781
24	97	Darren Turner Richie Stanaway	Aston Martin Vantage V8	LMGTE PRO	1'38.889	14.811
25	77	Richard Lietz Michael Christensen	Porsche 911 RSR (2016)	LMGTE PRO	1'39.141	15.063
26	51	Gianmaria Bruni James Calado	Ferrari 488 GTE	LMGTE PRO	1'39.358	15.280
27	98	Pedro Lamy Paul Dalla Lana Mathias Lauda	Aston Martin Vantage V8	LMGTE AM	1'39.492	15.414
28	86	Michael Wainwright Adam Carroll Ben Barker	Porsche 911 RSR	LMGTE AM	1'40.092	16.014
29	83	François Perrodo Emmanuel Collard Rui Aguas	Ferrari F458 Italia	LMGTE AM	1'40.428	16.350
30	78	Christian Ried Wolf Henzler Joel Camathias	Porsche 911 RSR	LMGTE AM	1'40.668	16.590
31	88	David Heinemeier Hansson Patrick Long Khaled Al Qubaisi	Porsche 911 RSR	LMGTE AM	1'40.964	16.886
32	50	Pierre Ragues Ricky Taylor Yutaka Yamagishi	Chevrolet Corvette C7-Z06	LMGTE AM	1'41.693	17.615