Sesi dibuka dengan insiden kecelakaan yang dialami oleh mobil Audi R18 e-tron quattro yang dikemudikan Andre Lotterer. Akibat insiden tersebut bendera merah sempat dikibarkan, dan mobil Lotterer mengalami kerusakan berat pada bagian bodi sebelah kiri-depan.

Sesi kembali dilanjutkan 10 menit setelah insiden Lotterer, dan tidak lama kemudian, Webber yang mengemudikan mobil Porsche 919 Hybrid #1 turun ke trek dan langsung mencatat waktu tercepat hari ini, 1 menit 24,074 detik. Raihan pembalap Australia itu tidak dapat dikalahkan hingga sesi ini berakhir.

Pembalap Audi #8, Oliver Jarvis hanya mampu mencatat waktu 0,894 detik lebih lambat dan menempati posisi kedua. Sementara Lotterer, yang mampu melanjutkan sesinya setelah insiden pada fase pembuka, menempati posisi ketiga dengan raihan 1 menit 25 detik.

Di bawah catatan waktu kedua mobil Audi, adalah Porsche #2 di posisi keempat dengan catatan waktu 1 menit 25,078 detik dari usaha Marc Lieb.

Dua mobil Toyota TS050 Hybrid, #5 dan #6 melengkapi enam mobil LMP1 teratas, dengan Kazuki Nakajima yang menjadi pembalap tercepat dari pabrikan tuan rumah tersebut.

Rebellion sekali lagi berhasil mengungguli rival satu-satunya di kelas LMP1-L, ByKolles. Mobil R-One #13 mencatat waktu sekitar 5,5 detik lebih lambat dari raihan Webber.

Di kelas LMP2, RGR Sport by Morand berhasil menjadi yang tercepat berkat raihan waktu, 1 menit 31,909 detik yang dicatat oleh Filipe Albuqerque.

Di kategori GT, Ford berhasil melanjutkan performa positif mereka di Fuji pekan ini dengan kembali menjadi yang tercepat di sesi latihan kedua. Namun, kali ini giliran Stefan Mucke di mobil Ford GT #66 yang berhasil mengungguli rival-rival mereka dengan catatan waktu 1 menit 38,743 detik.