Sesi dibuka dengan insiden kecelakaan yang dialami oleh mobil Audi R18 e-tron quattro yang dikemudikan Andre Lotterer. Akibat insiden tersebut bendera merah sempat dikibarkan, dan mobil Lotterer mengalami kerusakan berat pada bagian bodi sebelah kiri-depan.

Sesi kembali dilanjutkan 10 menit setelah insiden Lotterer, dan tidak lama kemudian, Webber yang mengemudikan mobil Porsche 919 Hybrid #1 turun ke trek dan langsung mencatat waktu tercepat hari ini, 1 menit 24,074 detik. Raihan pembalap Australia itu tidak dapat dikalahkan hingga sesi ini berakhir.

Pembalap Audi #8, Oliver Jarvis hanya mampu mencatat waktu 0,894 detik lebih lambat dan menempati posisi kedua. Sementara Lotterer, yang mampu melanjutkan sesinya setelah insiden pada fase pembuka, menempati posisi ketiga dengan raihan 1 menit 25 detik.

Di bawah catatan waktu kedua mobil Audi, adalah Porsche #2 di posisi keempat dengan catatan waktu 1 menit 25,078 detik dari usaha Marc Lieb.

Dua mobil Toyota TS050 Hybrid, #5 dan #6 melengkapi enam mobil LMP1 teratas, dengan Kazuki Nakajima yang menjadi pembalap tercepat dari pabrikan tuan rumah tersebut.

Rebellion sekali lagi berhasil mengungguli rival satu-satunya di kelas LMP1-L, ByKolles. Mobil R-One #13 mencatat waktu sekitar 5,5 detik lebih lambat dari raihan Webber.

Di kelas LMP2, RGR Sport by Morand berhasil menjadi yang tercepat berkat raihan waktu, 1 menit 31,909 detik yang dicatat oleh Filipe Albuqerque.

Di kategori GT, Ford berhasil melanjutkan performa positif mereka di Fuji pekan ini dengan kembali menjadi yang tercepat di sesi latihan kedua. Namun, kali ini giliran Stefan Mucke di mobil Ford GT #66 yang berhasil mengungguli rival-rival mereka dengan catatan waktu 1 menit 38,743 detik.

Pos	#	Pembalap	Mobil	Kelas	Waktu	Gap
1	1	Mark Webber   Timo Bernhard   Brendon Hartley	Porsche 919 Hybrid	LMP1	1'24.074
2	8	Lucas di Grassi   Loic Duval   Oliver Jarvis	Audi R18	LMP1	1'24.968	0.894
3	7	Andre Lotterer   Marcel Fassler   Benoit Tréluyer	Audi R18	LMP1	1'25.000	0.926
4	2	Romain Dumas   Neel Jani   Marc Lieb	Porsche 919 Hybrid	LMP1	1'25.078	1.004
5	5	Anthony Davidson   Kazuki Nakajima   Sébastien Buemi	Toyota TS050 Hybrid	LMP1	1'25.657	1.583
6	6	Stéphane Sarrazin   Kamui Kobayashi   Mike Conway	Toyota TS050 Hybrid	LMP1	1'25.702	1.628
7	13	Alexandre Imperatori   Dominik Kraihamer   Matheo Tuscher	Rebellion R-One	LMP1	1'29.653	5.579
8	4	Simon Trummer   Oliver Webb   Pierre Kaffer	CLM P1/01	LMP1	1'30.515	6.441
9	43	Bruno Senna   Ricardo Gonzalez   Filipe Albuquerque	Ligier JS P2	LMP2	1'31.909	7.835
10	26	Will Stevens   Roman Rusinov   Alex Brundle	Oreca 05	LMP2	1'32.742	8.668
11	44	Roberto Merhi   Richard Bradley   Matthew Rao	Oreca 05	LMP2	1'32.747	8.673
12	42	Jonny Kane   Lewis Williamson	Gibson 015S	LMP2	1'32.948	8.874
13	30	Giedo van der Garde   Sean Gelael   Antonio Giovinazzi	Ligier JS P2	LMP2	1'32.971	8.897
14	35	Paul-Loup Chatin   Ho-Pin Tung   David Cheng	Alpine A460	LMP2	1'33.076	9.002
15	36	Nicolas Lapierre   Gustavo Menezes   Stéphane Richelmi	Alpine A460	LMP2	1'33.274	9.200
16	37	Vitaly Petrov   Viktor Shaytar   Kirill Ladygin	BR01	LMP2	1'33.364	9.290
17	31	Pipo Derani   Ryan Dalziel   Chris Cumming	Ligier JS P2	LMP2	1'33.393	9.319
18	45	Shinji Nakano   Tor Graves   Alex Lynn	Oreca 05	LMP2	1'33.675	9.601
19	27	Maurizio Mediani   Nicolas Minassian   Mikhail Aleshin	BR01	LMP2	1'34.006	9.932
20	66	Stefan Mücke   Olivier Pla	Ford GT	LMGTE PRO	1'38.743	14.669
21	51	Gianmaria Bruni   James Calado	Ferrari 488 GTE	LMGTE PRO	1'38.935	14.861
22	71	Sam Bird   Davide Rigon	Ferrari 488 GTE	LMGTE PRO	1'39.012	14.938
23	67	Harry Tincknell   Andy Priaulx	Ford GT	LMGTE PRO	1'39.219	15.145
24	95	Marco Sorensen   Nicki Thiim	Aston Martin Vantage V8	LMGTE PRO	1'39.547	15.473
25	97	Darren Turner   Richie Stanaway	Aston Martin Vantage V8	LMGTE PRO	1'39.548	15.474
26	77	Richard Lietz   Michael Christensen	Porsche 911 RSR (2016)	LMGTE PRO	1'39.577	15.503
27	98	Pedro Lamy   Paul Dalla Lana   Mathias Lauda	Aston Martin Vantage V8	LMGTE AM	1'40.112	16.038
28	50	Pierre Ragues   Ricky Taylor   Yutaka Yamagishi	Chevrolet Corvette C7-Z06	LMGTE AM	1'40.401	16.327
29	88	David Heinemeier Hansson  Patrick Long   Khaled Al Qubaisi	Porsche 911 RSR	LMGTE AM	1'40.414	16.340
30	86	Michael Wainwright   Adam Carroll   Ben Barker	Porsche 911 RSR	LMGTE AM	1'41.124	17.050
31	78	Christian Ried   Wolf Henzler   Joel Camathias	Porsche 911 RSR	LMGTE AM	1'41.286	17.212
32	83	François Perrodo   Emmanuel Collard   Rui Aguas	Ferrari F458 Italia	LMGTE AM	1'41.414	17.340